O založení muzea se zasloužil zejména Dr. Aleš Hrdlička, který přišel s koncepcí expozice a byl i hlavním finančním donátorem. Myšlenka na otevření muzea věnujícího se vědě o člověku (antropologii) ho provázala již dlouhá léta. První zmínka o založení muzea je již z roku 1922.

Vlivem finanční krize se bohužel snížila hodnota Hrdličkových fondů určených na zřízení muzea v samostatné budově. Na podnět Hrdličkova přítele, ředitele Antropologického ústavu prof. Jindřicha Matiegky, byly sbírky umístěny do budovy Přírodovědecké fakulty na Albertově. Muzeum tak bylo otevřeno v Praze na Albertově 22. října 1937 a ještě téhož roku bylo přejmenováno na Hrdličkovo muzeum člověka.

Dr. Hrdličku ovlivnily jeho zkušenosti z práce kurátora antropologických sbírek v americkém United States National Museum ve Washingtonu. Počítal původně se samostatnou budovou o rozloze přibližně 1100 m². Dnes si musí muzeum vystačit pouze se 128 m². Řadu exponátů proto bohužel není možné vystavovat.

Expozice dodnes kopíruje ideu Dr. Hrdličky – je rozdělena do čtyř tematických celků, které dohromady mají co nejkomplexněji postihnout tak složitého tvora, jakým je člověk. Hlavními tématy je vývoj lidského druhu (fylogeneze) a rozličnost (variabilita) lidského druhu. Doplňkovými je téma vývoje lidského jedince (ontogeneze) a téma nemocí, odchylek (patologie) a smrti.

Během válečných let se prohloubily finanční problémy a podle dostupných pramenů přestaly existovat Hrdličkovy fondy, ve kterých byl původně milion československých korun. V roce 1952 se muzeum spolu s Antropologickým ústavem přestěhovalo do Viničné ulice č. p. 7, kde sbírky naleznete dodnes. Za dobu svého fungování se návštěva muzea stala součástí výuky přírodopisu a biologie na základních a středních školách.

V současné době pracujeme na nové stálé expozici, která se totiž v podstatě nezměnila od svého přestěhování. Usilujeme o to, aby nová expozice lépe vystihla komplikované téma, a začleníme do ní i vědecké poznatky, které téměř za 60 let vědci na poli antropologie učinili.

Budoucí doktor, vědec a vizionář Aleš Hrdlička se narodil v tehdejším Rakousku-Uhersku v březnu 1869 v Humpolci. Byl prvorozeným synem a pocházel z poměrně chudé a početné rodiny. Již od dětství projevoval přirozenou inteligenci, bystrost, vnímavost a studijní předpoklady.

V roce 1881, když bylo Alešovi 12 let, přijal jeho otec pracovní nabídku ve Spojených státech amerických. Tak se celá rodina přestěhovala do New Yorku. Na malého chlapce tam čekal těžký život – přes den pracoval jako tovární dělník a po večerech studoval ve večerní škole. Po večerní škole postoupil na obchodní akademii a jako vysokou školu si posléze zvolil medicínu. Lékařem se stal ve 23 letech, v roce 1892.

V roce 1894 mladý lékař nastupuje jako internista do ústavu pro mentálně postižené v Middletownu, o rok později na patologii. Začíná se zajímat o antropologii, kterou se v letech 1896–1898 rozhodne studovat ve Francii u profesora Manouvriera. Po návratu do USA začne podnikat vědecké výpravy za americkými indiány a do východní Asie.

Díky poznatkům z expedic zformuloval několik teorií. Nejvýznamnější a dosud nevyvrácená je teorie zalidnění amerického kontinentu z Asie přes dnes již neexistující pevninský pás mezi Kamčatkou a Aljaškou. Pokud by jeho život v 74 letech neukončila 5. září 1943 ve Washingtonu srdeční příhoda, jistě by podnikl další výpravy za poznáním.

V roce 1926 byl za svoji vědeckou činnost vyznamenán od Antropologického královského ústavu Velké Británie a Irska zlatou medailí Huxley Memorial Medal. K příležitosti tohoto ocenění přednesl přednášku „O neandrtálské fázi člověka“, ve které představil teorii jednotného původu lidstva.

Během svého života vydal více než 300 vědeckých článků a byl členem mnoha světových vědeckých společností. Spolupodílel se na založení prvního československého antropologického časopisu – Anthropologie: International Journal of Human Diversity and Evolution a amerického časopisu American Journal of Physical Anthropology magazines, který vychází dodnes.